Layanan administrasi Sistem Informasi Pegawai Daerah (SIPD) yang masih terbatas menyebabkan kendala di berbagai bidang, selain itu dari segi kualitas layanan sistem ini belum diketahui secara pasti tingkat kualitasnya. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi kualitas layanan sistem dari persepsi pengguna dan untuk melihat pengaruh dari berbagai faktor yang menjadi fokus penelitian dengan menggunakan kombinasi WebQual serta model DeLone dan McLean berdasarkan tujuh variabel dari dua model kombinasi tersebut yang meliputi usability quality, information quality, service interaction quality, website service quality, user satisfaction, intention to use, dan net benefit. Pada penelitian ini melibatkan 387 responden dan analisis data menggunakan teknik analisis structural equation modeling pada aplikasi SmartPLS dengan melihat tabel output path coefficients. Berdasarkan pengujian hipotesis terdapat tujuh hipotesis yang diterima dan tujuh hipotesis yang ditolak. Dari hasil penelitian diperoleh bahwa tingkat kualitas layanan SIPD berdasarkan persepsi pengguna dapat dikatakan sangat baik dengan persentase 86.62% dan skor rata-rata sebesar 1677.50. Kata Kunci : SIPD, WebQual, Kualitas Layanan, Structural Equation Modeling